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一例白内障病例反映参考基因组对变异检测的影响
患者基本信息
患者：女，双眼考虑先天性白内障母亲、外婆均有白内障，视力减退、眼球震颤、弱视
进行trio-WES检测，初步分析结果为阴性。
但家族史提示极有可能是一种常染色体显性遗传疾病，对数据进行二次复核，依旧未能找到候选变异。
山穷水尽即将放弃时，意外看到上半年学习的一篇文献（PMID: 34129815）。
这篇文献主要讲的是，参考基因组不同引起的变异检测结果差异。
其中提到：PRODH（MIM:606810）, SIK1 （MIM:605705）,CBS（MIM:613381）,H19（MIM:103280）,CRYAA（MIM:123580）和KCNE1（MIM:176261）基因及其附近的所有或绝大多数变异只能通过GRCh37检测到；
而RPS17（MIM:180472）和ADAMTSL2（MIM:612277）基因则富集了只能使用GRCh38检测到的变异（如下表1）。
更换参考基因组导致这些基因没有call到相关变异，是由于比对到参考基因的reads发生了多重比对导致的。
表1
文中提到的CRYAA基因与白内障相关，并且今年5月份实验室完成了参考基因组从GRCh37到GRCh38的转换。
受文献启发，通过与生信团队讨论，为了在不更换基因组版本（GRCh38）的情况下检出这些基因的变异，我们找到了这些基因的同源序列，发现这些同源序列大多为相关基因在scaffold上的一个冗余的假重复，因此将这些同源序列进行了mask，解决了reads的多重比对问题。并对上述trio-WES数据进行了重分析。
我们惊喜的发现在受检者及其母亲样本中均检出了以下变异：
图1
人类孟德尔遗传学（OMIM）数据库中记载，CRYAA基因的致病性变异可导致常染色体显性/隐性遗传的多类型白内障9型( CTRCT9)。
CTRCT9的特征为先天性多类型白内障，包括核性白内障、带状中央核性白内障、层状白内障、板层性白内障、前极性白内障、后极性白内障、皮质性白内障、胚胎性白内障、前囊下性白内障、扇形白内障和完全性白内障等，其他常见的临床表型包括视力下降、眼球震颤、弱视、斜视和青光眼等。CRYAA基因突变还可引起与小角膜相关的白内障，称为白内障-小角膜综合征。
（OMIM,https://www.omim.org/entry/604219）
参照ACMG相关指南，该变异评级为致病性变异(PM2_Supporting+PS4_Supporting+PP4+PP1_Strong+PM5+ PS3_Supporting)
图2
经trio-WES数据分析，该变异遗传自母亲，母亲也具有白内障，CRYAA基因相关的CTRCT9在较大程度上可以解释受检者的表型。建议对受检者的其他家系成员进行验证，以完善表型-基因型相关性分析。
思考
除了文章中提到的8个与孟德尔疾病相关的基因，还有57个旁系同源基因和28个假基因等，都会受参考基因组选择的影响。虽然人类参考基因组从GRCh37更新迭代至GRCh38已成为趋势，但在日常分析中我们需要考虑参考基因组选择引起的变异检测差异。