OmniSeek®全外显子组检测发现一例深度内含子可能致病性病例

▩ 年龄：9岁

▩ 性别：男

▩ 临床表型：双下肢无力，心肌酶升高

▩ 检测项目：杜氏肌营养不良DMD基因检测（综合解决方案）

▩ 检测结果：

一、疾病介绍

        杜氏肌营养不良（Duchenne muscular dystrophy, DMD）是一种X连锁隐性遗传病。DMD的发病率约为1/5000，患者多为男性，病情进展快速，通常在儿童早期发病，主要临床表征包括肌肉进行性萎缩无力、腓肠肌假性肥大等。DMD是由位于Xp21.1区域的DMD基因变异所致，DMD基因的全长约2.3Mb，共包含79个外显子。

二、变异的致病性评估

    DMD：c.9**3+1**5A>G：LP (PM2_Supporitng+PS4_Supporting+PP4+PM6_Supporting+PS3)

图1.OmniSeek®试剂及其他两种常规WES试剂在该变异区域的覆盖情况

Ø PM2_Supporitng：GnomAD数据库、ExAC数据库、千人基因组数据库和本地数据库均未收录该变异；

Ø PS4_Supporting：已有文献报道在至少2例DMD患者中检测到DMD基因变异c.9**3+1**5A>G^[1－4]。

Ø PP4：文献报道的患者的临床表型符合DMD的主要表型。

Ø PM6_Supporting：经父母样本验证，受检样本DMD基因变异c.9**3+1**5A>G为新发变异（de novo）。

图2.受检者及其父母DMD基因变异c.9**3+1**5A>G Sanger测序验证结果示意图

Ø PS3：功能研究显示，该变异能够激活隐蔽剪接位点，插入147个额外的核苷酸，形成异常的mRNA^[3]。

图3.RT-PCR结果显示：患者63 – 68号外显子扩增片段大于对照组

图4.患者63-68外显子扩增产物测序显示：在65和66外显子之间插入了147个额外的核苷酸

回顾之前的深度内含子的病例报道，我们发现，深度内含子（距离外显子-内含子边界超过100个碱基对）往往是由于变异产生了可被识别的剪接供体或受体位点，引起异常剪接，导致内含子序列插入成熟的mRNA中，促使翻译的过早停止，引起蛋白截断。

OmniSeek^®全外显子组检测通过对一些已知深度内含子变异设计探针，有助于提高诊断率。

参考文献

1. Hum Mutat. 2007 Feb;28(2):183-95.[PMID: 17041906]

2. Hum Mutat. 2009 Jun;30(6):934-45.[PMID: 19367636]

3. BMC Genomics. 2008 Nov 28;9:572.[PMID: 19040728]

4. J Neuromuscul Dis. 2020;7(2):77-95.[PMID: 32176650]